수입물품의 과세가격은 우리나라에 수출하기 위하여 판매되는 물품에 대하여 구매자가 실제로 지급하였거나 지급하여야 할 가격에 다음 각호의 금액을 가산하여 조정한 거래가격으로 한다.

 하지만, 비정상적인 상거래 할인 및 특수관계자간 거래에 의하여 일정 수준 이상의 할인에 대해서는 실제로 지급되는

 금액과 별도로 할인을 인정하지 않고 , 할인된 금액을 가산하여 신고하여야 합니다.

 보통 대량구매 할인, 현급선지급 할인이 정상적인 할인으로서 인정을 받고 있으며, 귀사의 경우 특수관계자간 거래로서 해당 할인된 금액만큼 수입신고시 추가적으로 과세하는것으로 판단됩니다.

 이경우 실제지급금액과 틀려지므로, 수입신고서상에 할인금액을 가산금액을 넣어주어야 수입신고시 실제지급되는

 금액과 차이는 없으면서 관세는 제대로 신고하게 되겠네요.

할인된 금액만큼 추가적으로 과세가격으로 포함시켜 수입신고하므로, 관세 및 부가세 등이 추가적으로 발생이 되며,

이는 정상적인 신고납부로서, 과다납부가 아닙니다.

그래서, 신고된 부가세와 납부한 부가세가 일치하지 않는게 아닙니다.

수입신고시 세관장이 징수한 부가세에 대하여 세관장이 세금계산서를 발행하며, 이는 매입세금계산서로서

매입처별 세금계산서 합계표에 의하여 제출하시면 되는 겁니다.

아무래도, 실제로 지급되는 금액에 대한 부가세와 신고하는 부가세를 오해하시고 있는것 같군요.