저희 회사는 본사에서 수입하는 부품들이 많은데요,(반도체 장비회사입니다)

본사와의 거래이다 보니 할인율이 커서요, 청구서 발행금액(invoice)과 수입신고상 금액이

차이가 나는 경우가 많습니다. 워낙 부품자체의 금액이 커서 차이금액도 크게 발생하게 됩니다.

청구서 발행금액은 본사에서 할인해주는 discount가액이고(지불가액)

수입신고필증상 금액은 세관에서 등록되어 있는 가액 즉 original가액(수입신고가액)으로

신고되게 되어 차이가 발생하는데요.

이럴 경우 부가세를 과다납부하는 경우가 생깁니다.

본래 지불가액으로 신고된다면 더 적게 납부하게 될 수 있으니까요,

그런데 신고된 부가세와 납부한 부가세가 일치하므로 부가세환급상에는

문제는 없다고 판단되는데, 이 외에 세무상이나 그 밖에 무역관계법상 문제가 될까요??